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連帯債務の場合の住宅ローン控除については、原則としてそれぞれの持分の割合に応じてそれぞれの方が負担をすべきものとして取り扱うことになります。
しかし連帯債務というのは、それぞれがローンの全額を返済する義務がありますが、連帯債務者間の間では、一定の約束をして負担すべき金額を決めることができます。
その約束の負担割合（例えば夫７で妻３）と原則で考える負担割合（夫５で妻５）が異なる場合については、次のように計算します。
前提として、3,000万円の住宅を2分の1ずつ所有し、3,000万円の連帯債務があるものとします。そして、その債務の負担割合が夫婦の約束で夫7割、妻3割としています。
夫の負担することとなった住宅ローン　3,000万円×7割＝2,100万円
本来負担すべき金額　　　　　　　　　3,000万円×5割＝1,500万円
夫の住宅ローン控除の対象となる住宅ローン1,500万円
住宅を取得するために本来負担すべき金額は1,500万円なので、1,500万円が対象となります。差額の600万円は住宅を取得する為のローンではなく、妻の負担すべきローンを返済していると考えます。
一方妻の場合は、
妻の負担することとなった住宅ローン　3,000万円×3割＝900万円
本来負担すべき金額　　　　　　　　　3,000万円×5割＝1,500万円
妻の住宅ローン控除の対象となる住宅ローン　900万円
住宅を取得する為に、妻が負担しているローンが900万円なので、900万円が対象となります。
このように、夫婦間で特約があると住宅ローン控除の対象となる金額が少なくなってしまうため好ましくありません。