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住宅ローン控除の対象となる住宅ローンを連帯債務で借入している場合には、年末に届く借入金の年末残高証明書の金額がその債務全額（それぞれの負担額ではない）となっています。
この場合には、それぞれの債務者が負担すべき金額を計算して、その金額が住宅ローン控除の対象となる金額となります。
証明書は連帯債務者の人数分届いていると思いますので、それぞれ1枚ずつ使用します。